Zumeist werden Holzhäuser hierzulande aus Fichtenholz oder Weißtannenholz gebaut. Weißtannen und Fichten werden in der Regel im Dezember gefällt, da die Bäume in dieser Zeit nur sehr wenig Saft in ihren Stämmen haben. Dies macht das gewonnen Baumaterial haltbarer und verhindert einen zu staken Harzfluss Das geschlagene Holz lagert nach dem Fällen mehrere Wochen in einer besonderen Trockenkammer und wird hierbei vollends Entsaftet. Das Holz wird in den meisten Fällen im Frühjahr darauf verbaut. Hierfür werden die Baumstämme im Sägewerk zu Balken, Brettern, Holztafeln, Holzdübeln und weiteren Bauteilen verarbeitet, welche zumeist im Werk des Fertighausherstellers montiert und komplett zur Baustelle transportiert werden.

Neben den in Europa einheimischen Hölzern finden sich für den Bau von Holzhäusern jedoch auch verschiedene Holzarten, welche ursprünglich aus Nordamerika stammen. Hierbei nimmt beispielsweise das Zedernholz einen sehr wichtigen Stellenwert ein. Das Holz der Zeder ist sehr witterungsbeständig und resistent gegen gegen Pilz- und Insektenbefall. Zedernholz eignet sich sowohl für den Innen- und auch Außenbau eines Holzhauses und weist eine sehr hohe Form- und Fugenfestigkeit auf.

Eine weitere oft benutze, nordamerikanische Holzart ist das Douglasienholz. Das Holz der Douglasie wird sehr gerne für Fenster- und Türrahmen, Furniere, Parkett und Vertäfelungen verwendet. Jedoch kann Douglasienholz auch problemlos bei tragenden Konstruktionen, wie beispielsweise Skelettbauten verbaut werden und ist hierfür in Deutschland ohne Einschränkungen zugelassen.

Weiter beliebte Holzarten für den Bau eines Holzhauses sind das Holz der Kiefer, der Fichte und der Sibirischen Lärche. Das Holz der Sibirischen Lärche zeichnet sich durch die überragende Dichte und Stabilität aus und ist zudem sehr witterungsbeständig.