Die Gesamtkosten für einen Hausbau errechnen sich generell aus den Kosten für das Baugrundstück und dessen Erschließung, den notwendigen Erdarbeiten, der Gestaltung der Außenanlage, den Kosten für das Bauwerk selbst, sowie aus den Baunebenkosten für die Planung, Verwaltung, Finanzierung und der zu erbringenden Steuer. Auf diese Weise errechnen die Hersteller den Preis für das gesamte Bauvorhaben.

In den meisten Fällen ist der Bau eines Holzhauses nicht sehr viel teurer, als die Errichtung eines Massivhauses. Auch wenn bei einem Holzhaus in der Regel höhere Kosten für Baumaterial und Planung entstehen, heben sich diese Mehrkosten durch die verkürzte Bauzeit wieder auf. Die verkürzte Bauzeit entsteht durch die generell üblichen Vorfertigungen der einzelnen Bauelemente im Werk des Herstellers. Die fertigen Bauteile werden nach der Vorfertigung komplett zum Bauplatz transportiert, wo sie lediglich noch montiert werden müssen.

Für den Bauherrn gibt es noch zusätzliche Möglichkeiten, die Baukosten zu senken. Beispielsweise kann beim Bau eines Holzhauses auf eine Unterkellerung verzichtet werden, was die Kosten für den benötigten Aushub einspart. Beim Bau eines Holzhauses mit Niedrig-Energie-Standard oder Passivhaus-Standard muss der Bauherr mit erhöhten Baukosten für die Installation der einzelnen Systeme für die passive Energiegewinnung rechnen. Langfristig betrachtet werden diese Mehrkosten jedoch aufgrund der hohen Wirtschaftlichkeit des Passiv- oder Niedrig-Energie-Hauses innerhalb der ersten Jahre wieder ausgeglichen.

Ein Holzhaus mit Niedrig-Energie-Standard bzw. Passivhaus-Standard ist aufgrund der passiven, zumeist solaren Energiegewinnungssystemen und der speziellen Wärmedämmung auf keine externe Wärmelieferung angewiesen, was den Bewohnern des Hauses ungemein hilft, laufende Kosten für die Wärmelieferung einzusparen.  Für Passivhäuser bzw. Holzhäuser mit Passivhaus-Standard gibt es in Deutschland verschiedene, staatliche Förderungsprogramme. Beispielsweise wird von der Kreditanstalt für Wiederaufbau zinsvergünstigte Darlehn angeboten, welche dem Bauherrn helfen sollen, die Mehrkosten für den Hausbau auszugleichen.